Интенсификация животноводства создает условия для накопления и циркуляции патогенных и условно-патогенных грибов с формированием антимикотической резистентности. Целью исследования было выполнить комплексную оценку уровня грибковой контаминации производственной среды в различных зонах животноводческих предприятий с определением чувствительности выделенных изолятов к распространенным антимикотикам. Установлено наличие грибковой обсемененности в воздухе всех рабочих зон изученного предприятия. Выявлено доминирование Aspergillus niger и Candida albicans. В 50% случаев отмечена смешанная контаминация разными видами плесневых грибов. Наибольший уровень загрязнения выявлен в подстилочном материале. Выявлена устойчивость микроорганизмов одновременно к нескольким антимикотическим препаратам, имеющим различные механизмы действия. Исследование подтвердило системное загрязнение производственной среды животноводческих комплексов потенциально-патогенными грибами с формированием устойчивых сообществ в кормах и подстилке. Представленные в работе санитарно-микробиологические подходы оценки грибковой  контаминации на производственных объектах животноводства имеют выраженную комплексную профилактическую направленность, позволяющую улучшить условия труда работников ферм, а также организовать мероприятия по оздоровлению производственной среды животноводческого комплекса.