На фоне возрастающих учебных нагрузок, интенсификации учебной деятельности, применения инновационных педагогических технологий, не апробированных ранее, уровень здоровья учащихся неуклонно снижается, что инициирует поиск новых эффективных методов формирования, укрепления и повышения состояния здоровья школьников. Важная задача научно обосновать инновационный подход к управлению здоровьем учащихся общеобразовательных организаций различного типа. У учащихся 9–10‑х классов лицея и школы проведена оценка напряжённости учебной деятельности; исследование функционального состояния центральной нервной, дыхательной, сердечно‑с осудистой систем. Учащимся «группы риска» проведена коррекция психофизиологического состояния, эффективность которого оценивалась путем сравнения психофизиологических показателей до и после выполнения тренинга. В условиях высокой напряженности учебного процесса у лицеистов в сравнении со школьниками увеличивались оперативные показатели центральной нервной системы и функциональные показатели дыхательной системы, при этом у учеников обеих групп установлено снижение уровня биологической и социально‑п сихологической адаптации. После проведения тренингов функционального биоуправления увеличилось число обследуемых с нормальной работоспособностью и удовлетворительной биологической адаптацией, на фоне снижения количества подростков с высоким психоэмоциональным напряжением. Функциональное биоуправление является эффективным методом коррекции психофизиологического состояния обучающихся, что определяет необходимость его использования в общеобразовательных организациях различного типа.