В связи с распространенностью алиментарно-зависимых нарушений у детей необходим поиск новых методов оценки влияния питания на организм. Анализ вариабельности сердечного ритма (ВСР) в совокупности с индексом массы тела (ИМТ) является эффективным неинвазивным методом оценки состояния здоровья. Целью поперечного исследования было выполнить гигиеническую оценку питания учащихся школ г. Екатеринбурга, а также провести анализ его взаимосвязи с ИМТ и показателями вегетативной нервной системы. Обследованы 202 школьника в возрасте 11–12 лет. Оценку питания выполняли частотным методом и путем расчета индекса качества питания (ИКП). Применяли антропометрию, биоимпедансометрию, исследование ВСР. Для статистической обработки использовали непараметрические методы, расчет отношения шансов (ОШ) и кластерный анализ. Установлено, что качество питания 67,3% школьников неудовлетворительное, оно характеризуется избытком насыщенных жиров, добавленных сахаров и натрия при дефиците пищевых волокон, полноценного белка, витаминов группы B, A, кальция и магния. У детей с неудовлетворительным ИКП шансы возникновения избыточной массы тела и высокого содержания жировой массы в 5,5 раза выше, чем у их сверстников с удовлетворительным рационом. Установлены значимые различия показателей ВСР в зависимости от характера питания: наилучшие значения ВСР отмечены у детей с высоким потреблением овощей, фруктов, наихудшие — при избытке добавленного сахара и жиров в рационе. Выявленные нарушения обосновывают необходимость разработки профилактических программ, направленных на коррекцию пищевых привычек, а также возможность внедрения мониторинга ВСР в систему гигиенической оценки здоровья школьников.