В условиях спада рождаемости сохранение здоровья детей-инвалидов и с ограниченными возможностями здоровья (ОВЗ) является одной из государственных задач. Значимой для решения этой задачи является комплексная оценка здоровья детей. Целью исследования было обосновать включение количественных показателей функционального состояния, физического развития и физической подготовки в комплексную оценку здоровья детей с инвалидностью и ОВЗ. Поперечное исследование проведено в сентябре 2025 г. на базе школы-интерната для детей-инвалидов и с ОВЗ (n = 69) и обычной школы (n = 69). Учащиеся в возрасте 7−17 лет были подобраны по полу, возрасту и длине тела. В ходе исследования оценивали физическое развитие, психофункциональное состояние, физическую подготовленность и питание. Выполнен кластерный анализ (k-средних) по 11 показателям на объединенной выборке (n = 138). В результате выделены два кластера: «неблагополучный» (64 ребенка, из них 35,9% из обычной школы) с плохой адаптацией, избытком массы тела, высоким потреблением жиров; «благополучный» (74 ребенка, из них 37,8% из школы-интерната) с хорошей адаптацией, нормальной массой тела, но низкой калорийностью рациона. Выявлены противоречия между группами здоровья и медицинскими группами для занятия физическим воспитанием. Полученные данные свидетельствуют о том, что дети-инвалиды имеют различные изменяющиеся в процессе пребывания в образовательной организации психофункциональные состояния, сопоставимые в ряде случаев с таковыми у детей из обычной школы. Рекомендовано дополнить комплексную оценку здоровья детей-инвалидов и детей с ОВЗ определением количественных показателей физического развития, функционального состояния организма, данными по физической подготовленности детей. Помимо этого следует учитывать образ жизни ребенка, свойственный детям его возраста.